Ma semaine s’était théoriquement terminée mardi soir, mais j’ai quand même assisté à une longue visioconférence avec mes homologues nationaux jeudi après-midi.

Mercredi, comme cela nous prend de temps en temps, nous sommes allés aux boutiques de vente directe de Boulogne-sur-Mer pour du turbot, des langoustines (des grosses non cuites, ce qui est rarissime), des tourteaux, des homards et des coquilles Saint-Jacques. Bref, il n’y a rien qui allait mal.

Vendredi après-midi, petite visite à une station de plante rarissime, y compris à l’échelle nationale. Sur place, je suis tombé sur un environnementaliste avec lequel nous travaillons, bon botaniste à titre amateur, et qui avait lui aussi posé un congé, notamment pour venir voir la même plante que moi (sauf que lui venait de moins loin). Il faut dire aussi que lui est confiné le week-end puisque dans l’agglomération de Dunkerque.

La Gagée de Bohême est une plante vivace naine à bulbes de la famille des Liliaceae. Elle pousse le plus souvent sur des rochers et coteaux siliceux sur sols secs et modérément acides. Plante native d’Europe centrale et méridionale. En France, l’espèce pousse sur le pourtour méditerranéen, en Corse (sous-espèce spéciale), dans la vallée du Rhône, en Auvergne (vallée de l’Allier notamment), en vallée de la Loire (Forez, Anjou). Mais aussi une station dans la dune fossile de Ghyvelde (Nord), sur sable modérément acide. La station est minuscule mais semble se maintenir.

Il me semble que j’avais déjà montré cette plante en 2010 (mais la note correspondante semble avoir été effacée de ce blog). Voici donc une photo prise le 20 mars 2010.

Cette année, la plante est bien plus précoce (fin de floraison).

Ce matin, j’ai fait une grasse matinée exceptionnelle : je me suis levé à 8 h 07 ! En général, je me lève au plus tard une heure plus tôt !

Dès que les vaccinations ont été ouvertes hors EHPAD, mes parents ont pu obtenir un rendez-vous très rapidement pour se faire vacciner contre la COVID-19 via le vaccin Pfizer-BioNTech et ce grâce à la célérité de Fromfrom qui a pris le rendez-vous en ligne. La duchesse-mère a temporisé, les voisins et amis de mes parents ont fait de même et du coup, c’est extrêmement difficile à présent d’obtenir des rendez-vous.

Samedi il y a huit jours, je reçois un appel de notre médecin traitant qui me propose, presque hésitante de nous faire vacciner tous les deux en AstraZeneca-Oxford. Je dis oui et c’est hier samedi à 13 heures que nous avons reçu tous les deux notre injection. Elle (notre médecin) nous a dit qu’elle avait eu du mal à trouver des candidats pour se faire vacciner car le vaccin en question a une mauvaise réputation. Or, il s’avère que si le vaccin (à adénovirus) est un peu moins efficace que ses concurrents (à ARN messager), des données récentes laissent penser qu’il serait plus efficace qu’annoncé précédemment (hors variants pour lesquels on n’a pas ou peu de données, mais c’est pareil pour les autres vaccins). J’ai eu une réaction immunitaire assez importante la nuit dernière et toute la journée (maux de tête, courbature, fatigue malgré le paracétamol prescrit…). C’était envisagé, rien d’extraordinaire. Mais Fromfrom, elle, s’en tire sans effet notable.

Quelques photos de début d’année.

La bûche de minuit de Jour de l’An.

On avait vu le recto de ma montre, voici le verso.

Un escargot de glace.

Une des fontaines-ronds-points d’H., bien gelée.

Des fleurs et fruits des jardins de B.

Des fleurs à la maison.

Et en prime la nouvelle table 2021 !

J’ai en théorie un compte Fesse-de-bouc, mais il est complètement inactif et pour ainsi dire anonyme, avec le minimum d’info personnelle. Donc, je me connecte quasiment jamais ou pour visualiser de temps à autres le compte Fesse-de-bouc du boulot (une chargée de com’ s’en occupe). J’ai horreur de ce truc : c’est brouillon, on ne retrouve pas ces petits et les principes du truc me hérissent le poil. L’ennui est que certaines structures, y compris des services publics y ont recours, ce qui m’énerve copieusement, alors même qu’ils ont des sites internet institutionnels qu’ils ne prennent pas la peine de tenir à jour ou n’indiquent pas leurs actualités. Tout cela pour dire que fin décembre, me prend l’idée d’aller voir deux édifices à Vienne. Je consulte les sites internet et rien n’annonce qu’ils sont fermés. Je précise que les deux sont gérés par la commune et associés à des musées. Le premier est l’église Saint-Pierre (associée à un musée archéologique lapidaire). Il s’agit de l’une des plus anciennes églises de France. Elle est principalement romane, mais comporte des éléments architecturaux des V^e, IX^e, XI-XII^e, XV^e et XVIII^e siècles. Il s’agit d'une ancienne abbatiale (abbaye bénédictine). Parmi les trois photos suivantes, seule la première n’a pas bénéficié d’un important traitement, la troisième étant un pur amusement.

Nous nous rabattons sur la primatiale, non revue depuis seulement un an (voir ici).

Une petite promenade automobile et pédestre digestive cet après-midi avant de rentrer, avant le couvre-feu, pour manger le dessert (pas de photo, production du pâtissier).

Avec des photos prises en forêt domaniale, tout près de la maison où il y eut – j’en ai déjà parlé – des installations et une rampe de lancement de missiles allemands V1. Aucun de fut finalement envoyé sur l’Angleterre depuis ce lieu à cause des bombardements réguliers et efficaces de la part des Alliés.

Et pas loin non plus, Sercus et son église avec clocher roman du XII^e s., en travaux.

Quelques photos (certaines sont des rediffusions, d’autres doivent être inédites) du domaine du Dragon terrassé, des 24 et 26 février 2005. Il y avait une vingtaine de centimètres de neige. Le maximum de neige vu là-bas, c’était en 1986 avec 50 cm, mais je n’ai pas de photos, même argentiques. Il y a encore régulièrement de tels épisodes neigeux, mais ils se font plus rares et moins longs qu’avant.

Les photos ont été prises hier (temps gris toute la journée sans dégel) et aujourd’hui (temps ensoleillé et dégel uniquement sur les toits bien exposés). Températures : environ – 7°C ce matin, environ – 5°C ce soir à 18 heures.

Voyons à présent ce qu’est un vaccin. Il en existe un grand nombre de types. Parmi les plus anciens, ceux que Louis Pasteur a mis au point et qui restent d’actualité dans les principes aujourd’hui, même si les technologies de production ont énormément évolué depuis. Le principe est toujours le même : faire en sorte de stimuler le système immunitaire de l’organisme ou plutôt lui faire acquérir une mémoire lui permettant, en cas d’infection par l’agent pathogène ciblé, de produire immédiatement et en quantités suffisantes des anticorps et secondairement stimuler les autres agents du système immunitaire (globules blancs notamment). D’une manière générale, les éléments principaux constituants des vaccins sont des antigènes, comme les virus eux-mêmes ou tout autre élément étranger à l’organisme (toxines, bactéries…). Et ce sont ces antigènes qui déclenchent la production d’anticorps. Ces derniers sont produits avec retard en cas de primo-infection et parfois trop tard ou peuvent dans certains cas ne sont pas produits du tout si l’antigène n’est pas reconnu ou s’il se cache (en partie le cas pour le VIH). En cas de nouvelle infection par le même antigène et à un pas de temps pas trop éloigné (durée très variable), la réaction immunitaire est quasiment immédiate et très importante, permettant l’élimination rapide des antigènes. On constate un phénomène un peu analogue dans certains cas d’allergie (pour faire simple, une réaction immunitaire excessive).

Les vaccins se répartissent en différents types dont voici une liste non exhaustive :

• vaccins à agents infectieux vivants atténués (rendus inoffensifs par mutations forcées). Ceux de Louis Pasteur sont de ce type, mais à l’époque, c’était beaucoup plus aléatoire et risqué ;
• vaccins à agents infectieux inactivés (organismes morts, morceaux d’organismes…). Ce sont ces vaccins qui peuvent contenir le plus d’adjuvants immunologiques qui peuvent correspondre à des motifs moléculaires de l’agent infectieux en renforçant la stimulation du système immunitaire. Parmi ces adjuvants, on rencontre des antibiotiques, des tas de molécules ou des sels d’aluminium. Ces composés ont leur utilité, mais certains peuvent poser des problèmes (allergie, toxicité chez certaines personnes). C’est à bien prendre en compte, on peut s’en méfier, mais ces problèmes éventuels ne devraient pas être de nature à jeter le discrédit général et inconsidéré sur tous les vaccins, à commencer par les vaccins qui ne contiennent pas d’adjuvants problématiques ;
• vaccins à agents antigéniques (molécules portant entièrement ou partiellement un ou plusieurs éléments antigéniques, par exemple une protéine portée par un agent infectieux, une toxine produite par une bactérie…) ;
• vaccins à ARN messager et vaccins à ADN. Leles seconds sont assez proches des premiers, mais semblent plus problématiques et moins sûrs, mais je ne comprends pas bien le mode d’action dans les détails et ils ne sont pas utilisés à ce jour chez l’Homme. Nous allons nous concentrer sur les vaccins à ARN messager.

Le vaccin à ARN messager, contrairement aux autres, ne contient pas d’antigènes en tant que tels, mais de l’ARN messager encapsulé (lipides) lui permettant d’entrer dans les cellules et d’atteindre les usines à protéines. A partir de là, l’ARN messager du vaccin ou celui issu du noyau de la cellule ont exactement le même rôle et suivent le même chemin (cf. vidéo de l’épisode 2). Cependant, pour les vaccins contre le SARS-CoV-2 des deux sociétés Moderna et BioNTech, les ARN messagers ne produisent pas une protéine humaine, mais la protéine du spicule (« spike ») évoquée dans l’épisode 3. La différence avec ce que ferait le virus complet en cas d’infection est que seule cette protéine est produite (celle engendrant le plus de reconnaissance et de réaction immunitaire) et pas les autres protéines, enveloppes, ni bien entendu l’ARN complet du virus). Cet ARN messager vaccinal ne fabrique donc pas de virus et n’entre pas dans les noyaux cellulaires. La protéine « spike » ainsi produite engendre plusieurs types de réactions immunitaires sans provoquer la moindre infection. L’ensemble du système immunitaire est stimulé : globules blancs ordinaires, globules blancs (lymphocytes B – plasmocytes) engendrant la reconnaissance d’antigènes puis la production d’anticorps spécifique, macrophages (cellules digérant les intrus), etc. Les antigènes produits par l’ARN messager vaccinal sont donc éliminés dès la première injection de vaccin. La seconde injection vaccinale renforce le processus.

Personnellement, je trouve cette technologie de vaccin à ARN messager assez extraordinaire et en l’état, présente une efficacité assez extraordinaire, avec des effets toxiques ou allergiques finalement très rares et qui peuvent être a priori traités de manière convenable. Toutefois quelques problèmes se posent encore :

• la durée d’immunisation non établie à ce jour, même si elle semble bien supérieure à six mois ;
• la capacité des vaccinés à véhiculer des virus, non connue à ce jour ;
• l’efficacité du vaccin vis-à-vis de certains mutants (variants). Il semblerait encore efficace contre le mutant dit anglais, mais la question se posent pour d’autres. Je pense que c’est là la principale limite de ce vaccin très spécifique, très ciblé sur une unique protéine. Si la forme de la protéine change suffisamment après mutation, la mémoire humorale (anticorps) risque d’être inopérante ou insuffisamment. A ce titre, des vaccins à plus large spectre (à bas de virus plus complets ou en plusieurs « morceaux ») sont susceptibles d’être plus intéressants à plus long terme. Toutefois, il pourrait aussi être envisageable de produire des vaccins à ARN messagers tenant compte des mutations (ce n’est pas envisagé à ce jour).

En guise de résumé et de synthèse conclusive, je propose cette vidéo que je trouve pas mal, surtout qu’elle reprend une partie des métaphores auxquelles j’avais pensé.

Nous savons à présent ce qu’est une cellule, ce qu’est l’ADN, l’ARN messager et comment se fabriquent les protéines au sein de notre organisme. Intéressons-nous à présent aux virus. Alors, c’est facile : un virus, c’est de l’ADN ou de l’ARN entouré d’une ou plusieurs protéines (capside) et c’est à peu près tout. Pis, il peut ne pas y avoir de capside. Les virus n’étaient autrefois pas considérés comme des êtres vivants, mais à présent, le consensus s’élargit pour les considérer comme vivants. En tout état de cause, ils sont d’une incroyable diversité et jouent des rôles majeurs dans la biodiversité et l’évolution des autres êtres. Hélas, ils peuvent aussi faire des dégâts particulièrement importants chez tous les êtres vivants. Ce sont des parasites assez ultimes. Ils utilisent leur génome (minuscule comparativement à une cellule d’eucaryote ou même de bactérie) pour répliquer leur ADN ou leur ARN et la ou les protéines qui les entourent. Pour cela, ils détournent la machinerie cellulaire pour fabriquer en très grand nombre de virus (ADN et ARN d’un côté et protéines de l’autre qui s’assemblent ensuite). Des centaines, des milliers de virus sont ainsi produits par une seule cellule qui éclate et qui peuvent ainsi aller infecter un très grand nombre d’autres cellules et se propager à l’extérieur. Précisons aussi que certains virus (dont les rétrovirus) ont la capacité de produire un ADN qui peut aller s’insérer dans l’ADN du noyau cellulaire et ainsi modifier le génome de la cellule hôte. C’est le cas du VIH (Virus de l’immunodéficience humaine donnant le SIDA) et de certains virus impliqués dans certains cancers. Grâce à ces capacités, les rétrovirus sont utilisés en thérapie génique, permettant de « réparer » les séquences de certains gènes défectueux. Une réparation qui se conserve puisque lorsque la cellule se divise, elle permet de récupérer chez la cellule fille une partition corrigée du gène, permettant la production de protéines fonctionnelles.

Mais je n’ai pas précisé que toute cette armada de virus infectant un organisme n’est pas forcément invincible et même quand elle était prétendue l’être, on sait ce qui peut advenir. Car oui, diverses lignes de défense existent et il faut dire que dans l’immense majorité des cas, le système immunitaire contre-attaque et remporte de très nombreuses victoires, ce qui n’empêche cependant pas la diffusion des virus. D’ailleurs, les vaccins, quels qu’ils soient n’ont pas d’autre objectif que d’aider l’organisme à mieux se défendre lui-même en activant plus tôt et plus fort les défenses immunitaires, notamment par la production d’anticorps spécifiques. Ils n’ont donc rien à voir avec les antibiotiques qui eux ont un effet toxique vis-à-vis de certaines bactéries, mais ne stimulent absolument pas le système immunitaire ; tout au plus peuvent-ils l’aider en limitant le nombre de bactéries présentes dans l’organisme qui peut alors davantage cibler ses contre-offensives.

Venons-en à présent au SARS-CoV-2, le coronavirus impliqué dans le (la) COVID-19. Il s’agit d’un virus à ARN. Il est assez gros, possède un génome assez important, possède quatre types de protéines pour son « enveloppe », dont le spicule protéique (la fameuse protéine « spike ») qui sert à la fois au virus de point d’ancrage à la cellule qu’il va infecter et qui est une protéine susceptible d’être reconnue par le système immunitaire. C’est donc ce spicule protéique qui va faire l’objet de toutes les attentions.

À suivre.

En dehors de la composante aqueuse ultradominante au sein de notre organisme, nos cellules sont en grande partie composées de corps gras (phospholipides) assez inertes et surtout de protéines qui assurent énormément de fonctions et dont on n’est encore loin de tout connaître. Le fonctionnement de l’organisme repose donc très largement sur elles. Et pour que cela fonctionne, il faut donc fabriquer et renouveler (à cause de l’usure ou de l’usage) ces molécules sans arrêt. Les plans détaillés de ces protéines se trouvent dans le coffre sécurisé qu’est le noyau avec l’ADN. Les protéines, elles, sont fabriquées dans les usines que sont les ribosomes (cf. épisode 1). Les ribosomes de la cellule n’ont pas besoin de tous les plans de toutes les pièces que fabrique l’entreprise et de toutes ses succursales, d’autant que ladite cellule n’est pas spécialisée dans toutes les tâches ou toutes les pièces. Alors même si absolument tous les plans sont dans le coffre de chacune de nos cellules, seules les pièces vraiment nécessaires et en capacité d’être produites dans la cellule en question le seront. Ainsi, il faut un messager entre le coffre et l’usine et c’est donc le rôle de l’ARN messager qui fait office de facteur. Il s’agit d’une copie de l’ADN, mais très petite puisque cette copie ne possède les plans que pour une ou quelques pièces (protéines). En plus, cette copie est fragile comme si l’organisme se méfiait des espions pour éviter des copies illicites. De fait, l’ARN messager sert une fois puis est détruit et s’il ne sert pas, il est détruit également, un peu comme la bande magnétique annonçant une nouvelle mission dans Mission impossible ou comme si on décidait de tuer le facteur-messager après usage.

Tout part donc du noyau où un morceau d’ADN est déplié pour être copié (grâce à des protéines – enzymes). Alors, la copie n’est pas totale, seul ce qui est essentiel l’est. Tout se passe comme si on ouvrait la fermeture éclair que constitue l’escalier à double hélice qu’est l’ADN et qu’on venait reconstituer l’un des brins manquants. Une fois la copie réalisée, on clôt la fermeture éclair et on range l’archive ADN. L’ARN messager monte alors sur sa trottinette (une/des protéines spéciales font office de moyen de transport) et quitte le noyau en passant par un pore (porte que ne peut pas franchir l’ADN qui est trop épais, lui) puis se dirige vers l’usine (ribosome). Dans le ribosome, il y a une tête de lecture (comme celle d’un magnétophone ou d’un magnétoscope) qui va lire le brin d’ARN messager. Cette tête de lecture est encore une forme de complexe entre protéines et une autre forme d’ARN (ARN ribosomial). La tête de lecture va donc lire les mots de trois lettres ou codons (22 mots différents sans compter les synonymes) et chaque mot va se traduire par un acide aminé spécifique (22 acides aminés). La protéine s’allonge par la mise bout à bout d’acides aminés dans l’ordre précisément déterminé dans lequel se lisent les codons. A la fin de la bande magnétique, le point final à la protéine est donné. La protéine ainsi formée est une structure assez simple à très complexe dont la forme doit être considérée en trois dimensions et va jouer le rôle biochimique qui lui est assigné.

Voici une vidéo de l’INSERM que j’ai trouvée assez sympa et assez simple.

À suivre.