En dehors de la composante aqueuse ultradominante au sein de notre organisme, nos cellules sont en grande partie composées de corps gras (phospholipides) assez inertes et surtout de protéines qui assurent énormément de fonctions et dont on n’est encore loin de tout connaître. Le fonctionnement de l’organisme repose donc très largement sur elles. Et pour que cela fonctionne, il faut donc fabriquer et renouveler (à cause de l’usure ou de l’usage) ces molécules sans arrêt. Les plans détaillés de ces protéines se trouvent dans le coffre sécurisé qu’est le noyau avec l’ADN. Les protéines, elles, sont fabriquées dans les usines que sont les ribosomes (cf. épisode 1). Les ribosomes de la cellule n’ont pas besoin de tous les plans de toutes les pièces que fabrique l’entreprise et de toutes ses succursales, d’autant que ladite cellule n’est pas spécialisée dans toutes les tâches ou toutes les pièces. Alors même si absolument tous les plans sont dans le coffre de chacune de nos cellules, seules les pièces vraiment nécessaires et en capacité d’être produites dans la cellule en question le seront. Ainsi, il faut un messager entre le coffre et l’usine et c’est donc le rôle de l’ARN messager qui fait office de facteur. Il s’agit d’une copie de l’ADN, mais très petite puisque cette copie ne possède les plans que pour une ou quelques pièces (protéines). En plus, cette copie est fragile comme si l’organisme se méfiait des espions pour éviter des copies illicites. De fait, l’ARN messager sert une fois puis est détruit et s’il ne sert pas, il est détruit également, un peu comme la bande magnétique annonçant une nouvelle mission dans Mission impossible ou comme si on décidait de tuer le facteur-messager après usage.

Tout part donc du noyau où un morceau d’ADN est déplié pour être copié (grâce à des protéines – enzymes). Alors, la copie n’est pas totale, seul ce qui est essentiel l’est. Tout se passe comme si on ouvrait la fermeture éclair que constitue l’escalier à double hélice qu’est l’ADN et qu’on venait reconstituer l’un des brins manquants. Une fois la copie réalisée, on clôt la fermeture éclair et on range l’archive ADN. L’ARN messager monte alors sur sa trottinette (une/des protéines spéciales font office de moyen de transport) et quitte le noyau en passant par un pore (porte que ne peut pas franchir l’ADN qui est trop épais, lui) puis se dirige vers l’usine (ribosome). Dans le ribosome, il y a une tête de lecture (comme celle d’un magnétophone ou d’un magnétoscope) qui va lire le brin d’ARN messager. Cette tête de lecture est encore une forme de complexe entre protéines et une autre forme d’ARN (ARN ribosomial). La tête de lecture va donc lire les mots de trois lettres ou codons (22 mots différents sans compter les synonymes) et chaque mot va se traduire par un acide aminé spécifique (22 acides aminés). La protéine s’allonge par la mise bout à bout d’acides aminés dans l’ordre précisément déterminé dans lequel se lisent les codons. A la fin de la bande magnétique, le point final à la protéine est donné. La protéine ainsi formée est une structure assez simple à très complexe dont la forme doit être considérée en trois dimensions et va jouer le rôle biochimique qui lui est assigné.

Voici une vidéo de l’INSERM que j’ai trouvée assez sympa et assez simple.

À suivre.

Chez les eucaryotes (cf. épisode 1), dont les animaux et l’Homme en particulier, le noyau de la cellule concentre la majeure partie du matériel génétique. Le noyau est entouré d’une membrane à double paroi, mais il existe des pores autorisant le passage de certaines molécules.

Figure 2 – Le noyau cellulaire – Source : Wikipédia (Magnus Manske)

Le matériel génétique est essentiellement composé d’acide désoxyribonucléique, le fameux ADN, autrement dit une macromolécule qui a la particularité de posséder deux brins en hélice, un peu comme l’escalier à double révolution du château de Chambord (voir la figure suivante).

Figure 3 – La molécule d’ADN - Source : Wikipédia (MesserWoland & Dosto).

Comme on le voit sur la figure 3, on observe des « barreaux d’échelle » qui relient les deux montants de l’échelle. La molécule d’ADN totalement dépliée mesure 2 m de longueur dans chacun des noyaux de nos cellules. Son diamètre est de 2 nm (0,000 000 002 m soit 2.10^-9 m soit encore 0,000 002 mm, bref très très très fin). La molécule d’ADN dépliée est impossible à voir avec un microscope optique, même un très bon, il faut utiliser du matériel de pointe (microscope électronique à transmission).

Figure 4 – Image en microscopie électronique à de l’ADN. La photo n'est pas d'une clarté absolue mais on devine, en zoomant, cette structure caractéristique. Le trait noir représente 20 nm (10 fois le diamètre de la molécule). © Enzo di Fabrizio 

Seulement la molécule est enroulée sur elle-même un très grand nombre de fois, jusqu’à se concentrer, la plupart du temps en chromosomes (23 paires chez l’Homme).

Figure 5 – Enroulement multiple et peletonnage de l’ADN pour aboutir aux chromosmes (Source : Wikipédia, NIH, User:Phrood~commonswiki, En rouge)

Les chromosomes, eux, se voient facilement avec un microscope optique tout à fait ordinaire.

Figure 6 – Les chromosomes humains (Source : Wikipédia Domaine public, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=261772)

Sur la figure 3, au milieu de ces demi-barreaux (bases nucléiques), on voit les lettres A, T, G et C qui s’associent toujours de manière complémentaire : toujours un T en face d’un A et toujours un C en face d’un G et dans les deux sens possibles. La formation de ces paires est immuable dans l’ADN. Donc ces paires se soudent au milieu des barreaux, mais peuvent si besoin se désolidariser (un montant et des demi-barreaux de chaque côté) et chacun des deux morceaux de l’échelle (brins) sont parfaitement complémentaires (l’un est le strict négatif de l’autre). Ce qui signifie en réalité qu’un seul montant avec ses demi-barreaux suffit pour reconstituer l’autre. Et l’ARN n’est ni plus ni moins qu’un brin (montant et demi-barreaux) de l’échelle. Mais au lieu d’avoir toute la longueur de l’échelle, l’acide ribonucléique ARN (quel qu’en soit la nature précise) n’est qu’un minuscule fragment de ce brin d’échelle. Alors la question pourrait être de savoir pourquoi la molécule d’ADN ne pourrait-elle pas être composée d’un seul brin ? Eh bien parce qu’avec deux brins, c’est beaucoup plus stable et solide.

Par conséquent, on peut dire que l’ADN du noyau est une version complète du patrimoine génétique un peu comme sur un serveur avec des disques durs très haut de gamme dans un bâtiment sécurisé. L’ARN peut être considéré comme une petite copie très partielle du disque dur sur une disquette, une clé USB bas de gamme susceptible de s’autodétruire à brève échéance.

Ensuite, il faut savoir que la succession de ces lettres (A, T, C et G) a un « sens » précis (forme des mots à la base du code génétique). Il s’agit toujours de mots de trois lettres (codons). Chaque mot correspond à quelque chose de précis en l’occurrence, on reconnait l’existence de 64 mots, mais parmi ces 64 mots, il y a des synonymes et en définitive, cela fait 22 mots à sens univoque. Chacun de ces mots pourra ensuite se traduire par un acide aminé. Ces mots forment des phrases (cela correspond à un gène). Les acides aminés s’associent dans un ordre bien précis pour former des protéines uniques assez simples à très complexes. Et il existe des milliers de phrases différentes qui forment autant de protéines différentes. Un gène peut coder une ou plusieurs protéines.

A suivre.

Comme j’ai déjà eu l’occasion de l’expliquer, je pense que l’on devrait passer plus de temps à enseigner les sciences et consacrer beaucoup plus de temps dans médias à expliquer les sciences. Pour les médias, on devrait parler moins des compétitions sportives et du « business » qui en découle, des frasques des stars à deux balles et surtout des polémiques politiques stériles. Dans les « grands » médias, de trop nombreux journalistes n’ont même pas cherché à expliquer ce qu’était un vaccin à ARN messager et a fortiori ce qu’était l’ARN messager. D’autres l’ont fait de manière tellement synthétique et convenue que je pense que soit les gens n’ont pas compris, soit ils ont compris de manière biaisée ou notoirement incomplète voire trompeuse. Je pense sincèrement que seules certaines personnes ayant fait des études suffisamment solides en biologie ont compris. Et encore, je n’en suis pas sûr puisque j’ai pu noter avec une certaine stupeur que certaines personnes ayant fait des études en biologie post-bac comme ma cousine (bac + 5, certes pas en biologie cellulaire, mais avec un fort parcours en biologie tout de même), n’ont pas forcément bien compris le mode d’action des vaccins à ARN messager. Je me lance donc, de manière un peu « désespérée » dans une explication inédite et très cornusienne. Pour cela, je propose une petite série en quelques épisodes.

Je commence par la présentation de la cellule. Je vais parler de cellule animale, mais les cellules végétales ont une structure et une organisation assez proche.

Les cellules des eucaryotes (organismes dont nous sommes ayant des cellules à vrai noyau – pour information, les organismes qui n’ont pas de noyau distinct sont des procaryotes comme c’est le cas pour les bactéries). L’être humain est composé de 30 000 000 000 000 (3.10¹³) cellules qui mesurent généralement de 10 à 100 µm de diamètre (10 à 100.10^-6 m soit un dixième de millimètre pour les plus grosses, ce qui les rend visibles à l’œil nu, mais pas pour les autres uniquement visibles au microscope).

Figure 1 – Les cellules sont le siège de nombreuses réalisations, synthèses et beaucoup sont très spécialisées, mais l’immense majorité de ces cellules possèdent une organisation comme le montre la figure suivante (source : Kelvinsong via Wikipedia) dont j’ai commenté la plupart des numéros indiqués sur la figure.

1-2 – noyau (ne pas tenir compte du 1) : lieu de stockage de l’information génétique (ADN – acide désoxyribonucléique – généralement sous forme contractée en chromosomes ; j’y reviendrai).

3-4-5-6-8 – « usine » à protéines

• 3 et 5 – ribosome : lieu de traduction des ARN messager en protéines (j’y reviendrai).
• 6 – appareil de Golgi : lieu de « finition » des protéines.

7 – cytosquelette : « armature » de la membrane des cellules.

9 – mitochondrie : centrale d’énergie de la cellule (lieu de production d’ATP – adénosine triphosphate –, source d’énergie biochimique utile à la division cellulaire, aux métabolismes dont la synthèse de protéines, le mouvement pour les cellules musculaires…). L’ATP est produite notamment via le cycle de Krebs (cycle biochimique complexe) qui utilise notamment des sucres (glucose) ou des lipides ou encore des protéines comme carburant primaire. Les mitochondries contiennent de l’ADN issu de la mère, mais nous n’en parlerons pas cette fois.

11 – cytosol : liquide dans lequel baignent les organites de la cellule.

12 – lysosome : organite spécialisé dans la digestion intracellulaire de différents organites usés/détruits ou divers déchets.

13 – centriole : organite impliqué notamment dans la division cellulaire (faire d’une cellule deux cellules équivalentes).

14 – membrane cellulaire ou membrane plasmique : permet de délimiter la cellule et de l’isoler de l’extérieur. Cette membrane est constituée de deux composants principaux : des phospholipides (tête d’acide phosphorique hydrophile et queues lipidiques hydrophobes) et des protéines qui jouent un grand nombre de rôles dans la membrane cellulaire et bien au-delà.

Voici le décor général posé. A noter cependant que l’organisme comporte des tas de cellules très différentes, parfois hautement spécialisées, parmi lesquelles on peut citer :

• les cellules musculaires (muscles squelettiques) qui peuvent faire plusieurs centimètres de long et possèdent plusieurs noyaux (toutes les autres cellules du corps ont un unique noyau) ;
• les globules rouges ou hématies ou érythrocytes qui constituent la part la plus importante du sang. Chez les mammifères, les globules rouges n’ont pas de noyau (ce sont les seules cellules dépourvues de noyau) ;
• les globules blancs ou leucocytes dont il existe plusieurs formes, assurent la défense immunitaire de l’organisme, seuls (immunité naturelle ou innée) ou via des anticorps (immunité adaptative). Les anticorps sont des molécules (protéines particulières) produites pas une variété particulière de globules blancs : les plasmocytes issus des lymphocytes B. Ces anticorps sont toujours produits de manière très précise de façon à venir lier parfaitement aux antigènes. Les antigènes sont des macromolécules généralement issues d’un organisme étranger (un petit morceau de paroi cellulaire d’un virus, d’une bactérie…). Les anticorps viennent généralement neutraliser les antigènes et par conséquent l’organisme étranger en entier qui peut ensuite être « dévoré » notamment par certains types de lymphocytes (types de globules blancs).

Après la primatiale, retour dans la presqu’île près de la place Bellecour. Calyste nous montre les restaurations qui ont été menées à l’Hôtel-Dieu, sauf la chapelle comme dit en introduction. Cet ensemble hospitalier était très vaste et ce n’est qu’en 2007 qu’a été décidé le transfert des services dans d’autres établissements. François Rabelais exerça ici plusieurs années (l’établissement remonte au Moyen Âge). Les bâtiments visibles aujourd’hui sont surtout du XVIII^e s.

Touchant la place Bellecour, le clocher de l’ancien hôpital de La Charité, seul élément de cet établissement du XVII^e s. détruit en 1933 pour cause d'insalubrité.

Peu de temps avant de quitter Calyste sur la place Bellecour, la lune. Deux photos prises à quelques secondes à peine d’intervalle : la première surexposée mais avec les nuages, la seconde beaucoup moins exposée (mesure « spot » de la lumière sur la lune) mais sans les nuages.

Au sujet des règles sanitaires « COVID-19 » en entreprise, il y a quand même de belles conneries faites par des gens qu’on pourrait croire responsables et qui pourtant se mettent à déconner sérieusement comme j’ai pu le voir cette semaine de la part de collègues qui avaient décidé de faire une réunion à cinq sans masque (certes à distance) avec une collègue nouvellement embauchée du matin. Bon, il n’y avait pas de péril imminent, aucun n’était présumé malade, mais il se trouve quand même que tous ont des enfants et peuvent être porteurs asymptomatiques. En effet, les enfants semblent quand même être des vecteurs importants. En découvrant la chose, j’en suis resté baba. Ben oui, parce que depuis le début de ces conneries de COVID-19 et des premières règles à mettre en place au travail, c’est moi qui est pris les choses en main et je suis devenu l’emmerdeur numéro un sur le sujet. Je ne sais pas combien de « circulaires » j’ai rédigées, parfois le lendemain pour corriger ce qui avait été dit la veille car le gouvernement avait changé d’avis ou tardait à mettre en place un formulaire qui était pourtant prêt. Je dois dire que je suis beaucoup plus serein que je ne l’étais lors des premières semaines du confinement du printemps où j’avais l’impression d’une apnée interminable, sans horizon, sans savoir quelle horreur allait arriver. Le deuxième confinement et ce qui se passe en ce moment n’est plus source d’inquiétude particulière.

En décembre, contre l’avis de mes collègues, j’avais demandé que les candidats à un entretien d’embauche ne retirent pas leur masque. C’est vrai que c'est pénible, on ne voit pas bien l’expression des gens, mais on la devine quand même, à ce que j’ai pu en voir, y compris pour des personnes qu’on ne connaît pas. Imaginons qu’un candidat tombe gravement malade et qu’il aille dire qu’on lui demandé expressément de retirer son masque pendant l’entretien et qu’il a attrapé le SARS-CoV-2 a cette occasion même si en vrai c’est son/sa petit(e) ami(e) qui lui a refilé...

Je ne peux pas être derrière tout le monde pour surveiller que tout le monde agit toujours dans les règles de l’art et franchement, j’ai autre chose à faire et ça me gonflerait, mais en même temps, je ne peux pas non plus être laxiste là-dessus et ne pas enguirlander les fautifs. Il y a souvent des tendances naturelles à s’affranchir des règles, parce que oui c’est chiant, je le reconnais. On peut oublier un détail, négliger une désinfection… Mais manifestement quand le « père fouettard » commence à accepter un détail, ne fait plus des rappels réguliers (et usants), alors cela peut dérailler très rapidement. C’est ce que j’ai pu constater cette semaine, semble-t-il sans conséquence. Je ne suis finalement pas très étonné des dérives évoquées çà et là dans les familles, entre groupes d’amis… Moi-même, je ne suis sans doute pas irréprochable. Toutefois, après la énième conférence de presse « COVID-19 » de ce soir, il y aura demain une énième circulaire de ma part demain matin… ce qui va nous permettre de mettre en place, quel bonheur, une énième attestation employeur pour les salariés qui rentreront chez eux après 18 heures.

Et puis nous nous rendîmes en direction de la primatiale Saint-Jean-Baptiste-et-Saint-Étienne.

Nous passons la Saône. On pourra reconnaître la colline de Fouvière et sur la quatrième photo, la colline de la Croix Rousse.

L’église Saint-Georges (reconstruction au XIX^e s.) : pourquoi Karagar m’a parlé de dragon terrassé l’autre jour ? C’est un repaire de catholiques traditionnalistes selon Calyste.

Quelques rues du Vieux Lyon. Sur la seconde photo, la montée du Gourguillon qui mène à Fourvière. Le café du soleil dont l’histoire débuta au XVIII^e s., servait de toile de fond au théâtre de Guignol.

La cathédrale Saint-Jean est principalement gothique (XII-XV^e s.), mais qu’il avait été commencé en roman… et que des édifices chrétiens ont existé à cet emplacement au moins depuis le V^e s. Des restaurations ont été entreprises au XIX^e s. Des travaux de nettoyage débutent dans les années 1980 (les façades, le chevet étaient très « noirs » et de restauration permettent de redonner de l’éclat à l’édifice. En 2005, le chevet était bien « propre », mais la façade occidentale encore très « grise ». Lors de notre dernier passage en 2010, il y avait encore des travaux, qui sont à présent complètement achevés.

Personnellement, outre le fait que nous étions en charmante compagnie, je pense que je n’avais jamais trouvé l’intérieur de l’édifice aussi éclatant. Je ne dirais pas que c’était une surprise, car je m’y attendais un peu, mais j’ai encore plus apprécié que ce à quoi je m’attendais. J’y serais resté bien plus longtemps s’il y avait fait meilleur.

Effet zooming.

J’ai donc retrouvé deux représentations de la Nativité que j’avais photographiées en décembre 2013 au musée des Beaux-arts de Lyon.

Maître au monogramme A.H. La Nativité. V. 1505-1510. Peinture XVI^e siècle, École française.

Et celle dont Calyste parlait il y a peu.

Lorenzo Costa [Ferrare, vers 1460 - Mantoue, 1535]. La Nativité. V. 1490.

Nous y étions donc le 29 décembre. Calyste nous attendait place Belcour. Cette fois, nous avions choisi la voiture et nous sommes arrivés un peu en retard, d’autant plus que je ne savais pas où se situait l’office de tourisme… En nous rendant à la basilique Saint-Martin d’Ainay, premier objectif de l’après-midi que je m’étais assigné, nous avons découvert quelques établissements où Calyste avait enseigné en début de carrière.

Pour resituer la géographie des lieux, nous sommes dans la presqu’île entre Saône et Rhône, au sud de la place Bellecour.

Personnellement, je ne connaissais pas du tout la basilique Saint-Martin d’Ainay avant décembre 2006, année où nous l’avons découverte avec Fromfrom alors qu’elle était encore en travaux (voir ici). Il s’agit d’une ancienne abbatiale et est le seul édifice roman de Lyon, principalement du XI^e s., mais avec des éléments préromans et même des réutilisations de constructions romaines (colonnes près de la croisée, décor de brique…). Des éléments architecturaux postérieurs existent également bien évidemment, jusqu'au XIX^e s., avec plusieurs décors peints et les scènes de la coupole ou du cul-de-four (imitation de mosaïque). Je ne vous cache pas que ce n’est pas exactement ce que je préfère, mais ça va.

Hélas, à notre arrivée, avait lieu un enterrement et nous avons dû attendre un peu avant de visiter.

Un petit tympan roman de la vie de saint Jean-Baptiste.